Als Orte der Hilfe und des Schutzes können Bahnhofsmissionen auf eine lange und facettenreiche Geschichte zurückblicken. Die Gründung der ersten Bahnhofsmission im Jahr 1894 in Berlin war die Antwort auf die Not vieler Mädchen und junger Frauen, die im Zuge der Industrialisierung vom Land in die Städte zogen. Mit dem rapiden Anwachsen der Bevölkerungszahlen in den Städten nahmen soziale Probleme deutlich zu. Ausbeutende Arbeitsverhältnisse, Sucht oder ein Abgleiten in die Prostitution waren häufige Risiken. Mädchen und junge Frauen, die zu Hunderten in die Großstadt strömten, wurden oftmals bereits am Bahnhof von Betrügern oder Zuhältern abgefangen. Der Berliner Pastor Johannes Burckhardt erkannte die Probleme der ortsfremden Frauen und identifizierte den Bahnhof als wichtigen Ansatzpunkt für Hilfe. So entstand die erste Bahnhofsmission am Schlesischen Bahnhof in Berlin, dem heutigen Ostbahnhof.

Andere Großstädte folgten dem Beispiel, allerdings betrieben die Evangelische und die Katholische Kirche damals strikt getrennte Bahnhofsmissionen. Das gute Miteinander von katholischer und evangelischer Bahnhofsmission führte 1910 zur Gründung der „Konferenz für Kirchliche Bahnhofsmission“ (KKBM), die die Zusammenarbeit zwischen evangelischer und katholischer Bahnhofsmission verstärkte. Auf diese Weise entstand eine der ältesten ökumenischen Einrichtung der offenen sozialen Arbeit.

Schon damals besaßen die Mitarbeitenden der Bahnhofsmission ihr Erkennungszeichen, das nach wie vor als bekanntes Markenzeichen der Bahnhofsmissionen in ganz Deutschland gilt: das zusammengefasste gemeinsame Logo mit dem rosafarbenen Johanniterkreuz für die evangelische und dem gelben Balken für die katholische Bahnhofsmission.